ปัญหาการอุดตันในเมมเบรน (Membrane Fouling) คือการที่เมมเบรนเกิดการอุดตัน และลดประสิทธิภาพในการกรองหรือ กักกันแร่ธาตุได้ไม่เต็มที่ สาเหตุหลักเนื่องมาจากแร่ธาตุ และสารแขวนลอยที่อยู่ในน้ำไม่สามารถไหลผ่านได้เกิดการสะสมเป็นตะกอนบนผิวหน้าเมมเบรน และในช่องน้ำไหลในชั้นเมมเบรน ทำให้ขัดขวางการไหลของน้ำที่จะดันผ่านเมมเบรน ส่งผลให้กำลังการผลิตน้ำของระบบกรองน้ำRO ลดลง ต้องใช้แรงดันเพิ่มขึ้น หรือบางครั้งอาจมีการสะสมมากจนช่องทางที่ให้น้ำไหลในชั้นเมมเบรนแคบลง แรงดันสูญเสียของชั้นเมมเบรนสูงขึ้นจนทำให้แรงดันภายในชั้นแมมเบรน และภายนอกชั้นเมมเบรนแตกต่างกันมากจนอาจทำให้ไส้กรองเมมเบรนแตกเสียหายได้
การล้างเมมเบรนด้วยกรด และด่างบ่อยๆนั้น มีผลทำให้อายุการใช้งานเมมเบรนสั้นลง ควรป้องกันปัญหาการอุดตันด้วยน้ำยาแอนตี้สเกล ซึ่งในการใช้งานสามารถป้อนเข้าระบบพร้อมกับน้ำป้อนเข้าเมมเบรน (feed water) เป็นการป้องกันที่ต้นเหตุ โดยหลักการของน้ำยาแอนตี้สเกล จะไปยับยั้งการทำปฎิกิริยาการจับตัว และตกผลึกของแร่ธาตุในน้ำ และสารแขวนลอยในน้ำที่ป้อนเข้าระบบไม่ให้จับตัว หรือตกผลึกก่อเกิดเป็นตะกรัน โดยที่น้ำยาแอนตี้สเกลนั้นมีขนาดโมเลกุลที่ใหญ่กว่าความละเอียดของเมมเบรนมากจึงไม่สามารถทะลุผ่านเมมเบรนไปปะปนกับน้ำ RO ที่ผ่านการกรองแล้วได้